ในระหว่างเซสชัน TMS ขดลวดแม่เหล็กไฟฟ้าจะถูกวางลงบนหนังศีรษะ ขดลวดสร้างคลื่นแม่เหล็กซึ่งผ่านกะโหลกศีรษะและสมองได้อย่างง่ายดายและไม่เจ็บปวด ตัวอย่างเช่น ในผู้ป่วยที่มีภาวะซึมเศร้า แม่เหล็กไฟฟ้าจะส่งคลื่นแม่เหล็กที่ กระตุ้นสมอง และเซลล์ประสาทในบริเวณ Dorsolateral Prefrontal Cortex ซึ่งเกี่ยวข้องกับการควบคุมอารมณ์และภาวะซึมเศร้า TMS แสดงให้เห็นว่าเป็นขั้นตอนที่ปลอดภัยและได้รับการยอมรับอย่างดีซึ่งสามารถเป็นการรักษาที่มีประสิทธิภาพสำหรับผู้ป่วยโรคซึมเศร้าที่ไม่ได้รับประโยชน์เพียงพอจากยาต้านอาการซึมเศร้า หรือผู้ที่ไม่สามารถทนต่อยาต้านอาการซึมเศร้าเนื่องจากผลข้างเคียง